福州市氣象局成立于1983年10月，是中央直屬正處級垂直管理單位，實行上級氣象主管機構與本級人民政府雙重領導，以上級氣象主管機構領導為主的管理體制。
全市氣象部門人員編制141名，市局本部53名。目前，市局在職干部職工42人，在職黨員27人。
內設辦公室（計劃財務處）、業(yè)務科技處、人事教育處（監(jiān)察審計處、精神文明建設辦公室）、政策法規(guī)處(福州市防雷辦公室)等4個職能處（室）。設福州市氣象臺（福州市海洋氣象臺）、福州市氣象科技服務中心（福州市專業(yè)氣象臺）、福州市防雷中心、福州農(nóng)業(yè)氣象試驗站（晉安區(qū)氣象局）4個直屬單位。閩侯縣氣象局、長樂市氣象局、福清市氣象局、平潭縣氣象局、連江縣氣象局、羅源縣氣象局、永泰縣氣象局、閩清縣氣象局等8個縣（市）級氣象局。
