內(nèi)設(shè)辦公室（計劃財務(wù)科）、業(yè)務(wù)科技科、人事教育科（監(jiān)察審計科）、政策法規(guī)科4個職能科（室）。設(shè)南平市氣象臺、南平市專業(yè)氣象服務(wù)中心、南平市防雷中心、南平市氣象科技開發(fā)中心4個直屬單位。延平區(qū)氣象局、建陽市氣象局、建甌市氣象局、順昌縣氣象局、浦城縣氣象局、松溪縣氣象局、政和縣氣象局、邵武市氣象局、光澤縣氣象局、武夷山市氣象局等10個縣（市）級氣象局和福建省建陽氣象雷達(dá)站、建陽農(nóng)業(yè)氣象試驗站。
