內(nèi)設(shè)辦公室（計劃財務(wù)科）、人事教育科（監(jiān)察審計科、精神文明辦公室）、業(yè)務(wù)科技科、政策法規(guī)科4個職能科（室）。設(shè)漳州市氣象臺（漳州市海洋氣象臺）、漳州市氣象科技服務(wù)中心、漳州市防雷中心（漳州市避雷裝置安全監(jiān)測所）、漳州市專業(yè)氣象臺4個直屬單位。龍海市氣象局、漳浦縣氣象局、云霄縣氣象局、東山縣氣象局、詔安縣氣象局、南靖縣氣象局、平和縣氣象局、華安縣氣象局、長泰縣氣象局等9個縣（市）級氣象局和天寶熱作氣象試驗站。
