分為市局、旗（縣）二級機(jī)構(gòu)。呼和浩特市氣象局是全市氣象部門的領(lǐng)導(dǎo)機(jī)構(gòu)，實行以氣象部門為主與地方政府雙重領(lǐng)導(dǎo)的管理體制。承擔(dān)內(nèi)蒙古自治區(qū)氣象局和呼和浩特市人民政府賦予的氣象工作管理職能，負(fù)責(zé)對全市氣象行業(yè)實施規(guī)劃、協(xié)調(diào)、指導(dǎo)、監(jiān)督，負(fù)責(zé)對氣象法規(guī)和氣象業(yè)務(wù)技術(shù)規(guī)范、標(biāo)準(zhǔn)的執(zhí)行情況進(jìn)行監(jiān)督檢查，統(tǒng)一管理天氣預(yù)報警報及其它氣象信息的發(fā)布，參與有關(guān)的防災(zāi)減災(zāi)決策，管理與指導(dǎo)氣候資源的開發(fā)、利用和保護(hù)，組織對當(dāng)?shù)刂攸c建設(shè)工程、重大區(qū)域性經(jīng)濟(jì)開發(fā)項目、城鄉(xiāng)建設(shè)規(guī)劃中的氣象條件評價的論證和審查。歸口管理人工影響局部天氣和社會生產(chǎn)、人民生活中與氣象有關(guān)的安全設(shè)施的設(shè)計、施工和技術(shù)檢測，為全市經(jīng)濟(jì)建設(shè)和社會發(fā)展提供各種氣象科技服務(wù)。 呼和浩特市氣象局履行《中華人民共和國氣象法》、《內(nèi)蒙古自治區(qū)氣象管理條例》賦予市級氣象主管機(jī)構(gòu)的各項職責(zé)。
市局由局機(jī)關(guān)和直屬事業(yè)單位構(gòu)成，現(xiàn)有局長1名、副局長1名、紀(jì)檢組長1名。其中局機(jī)關(guān)內(nèi)設(shè)：辦公室（呼和浩特市人工影響天氣辦公室）、業(yè)務(wù)科、計劃財務(wù)科；直屬科級事業(yè)單位4個，分別為：呼和浩特市氣象臺（呼和浩特市決策氣象服務(wù)中心）、呼和浩特蔬菜氣象試驗站（氣候生態(tài)環(huán)境監(jiān)測評估中心）、呼和浩特市氣象科技開發(fā)中心、呼和浩特市防雷中心、呼和浩特市氣象局后勤服務(wù)中心。
管轄土默特左旗氣象局、托克托縣氣象局、和林縣氣象局、武川縣氣象局、清水河縣氣象局和呼和浩特市賽罕區(qū)氣象局 6個氣象局。全市氣象系統(tǒng)現(xiàn)有職工164名，其中在職職工113名，高級工程師2名，工程師45名，大學(xué)本科19名，?？?1名。
主要職能：根據(jù)自治區(qū)氣象局和呼市市委、政府的戰(zhàn)略部署，研究確定呼市地區(qū)氣象事業(yè)的發(fā)展戰(zhàn)略；組織氣象法律、法規(guī)的監(jiān)督實施；負(fù)責(zé)氣象行政、業(yè)務(wù)和服務(wù)的管理工作；組織實施氣象防災(zāi)減災(zāi)及人工影響天氣工作。
